A principios de la nueva década el fútbol vivió una de sus mayores revoluciones. En la Guerra Civil el Estadio de Mestalla fue uno de los más dañados, camiseta las palmas pero rápidamente se acondicionó para la práctica del fútbol. Esta temporada dejó el primer partido televisado en directo al Real Murcia, el que disputó en el Estadio Metropolitano ante el Atlético de Madrid y que perdió 2 a 1. La campaña siguiente supuso un nuevo descenso a Segunda División, al finalizar decimoterceros y perder la promoción. En los dos primeros terminó en undécima posición, camiseta napoles quedando cerca del descenso pero haciendo algunos buenos partidos como la victoria ante el Real Madrid el 3 de febrero de 1946. En 1947 perdió la promoción ante la Real Sociedad y regresó a Segunda División.
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